Uygur alfabesi, 3'ü ünlü ve 11'i sessiz harf olmak üzere toplam 14 harften oluşan bir yazı sistemidir. Bu alfabenin kökeni Soğd alfabesine dayanmakta olup, bazı değişiklikler yapılarak Türkçeye uyarlanmıştır. Arap alfabesinde olduğu gibi, sağdan sola doğru yazılan Uygur alfabesinde, "z" harfi hariç tüm harfler bitiştirilerek yazılır.

Uygur döneminde, yeni dini inanışların etkisiyle yeni alfabe denemeleri de olmuştur. O dönemde yaşayan Türkler, inançlarını gerçekleştirdikleri dinlerin kutsal mesajlarını yazılı hale getirdikleri alfabeleri alıp, dillerinin yazımına uyarlamayı başarmışlardır.

Doğrudan Soğd yazısı ile yazılmış birkaçı hariç, Brahmi ve Tibet yazısı ile kaleme alınmış az sayıda yazma metin bulunmaktadır. Budist Türklerden elimize ulaşan verilerden metinlerin birçoğu, Soğd yazısından türetilen Uygur alfabesi ile yazılmıştır.

Uygur alfabesi, Türkçe için kullanılmış bir yazı sistemidir. Soğd alfabesi diye adlandırılan Soğdların daha çok el yazısından (Kurziv) harf eklemeleri, birleştirmeler gibi birtakım değişiklikler ile alınmıştır. Bu alfabe kullanılmaya başlandıktan sonra Uygur alfabesi olarak adlandırılmıştır. Uygur alfabesi diye anılmasının nedeni, bu alfabenin uzun süre ve en çok Uygurlar tarafından kullanılmış olması, ayrıca Uygur kültürünün gelişme ve ilerleme döneminin önemli unsurlarından biri olmasıdır.

Yaygınlaşan Uygur alfabesinin popüler olmasının gerekçeleri arasında, Kaşgarlı Mahmud'un Bağdat'ta yazıp Abbasi halifesine sunduğu "Divânu Lügati't-Türk" (1072) isimli ünlü eserinde Uygur alfabesini nitelemesi ve "Türk alfabesi" sözü ile çok etkili olması bulunmaktadır.

Uygurlar tarafından kullanılmaya başlanan alfabenin Türkler tarafından ne zamandan beri kullanıldığı kesin olarak bilinmemekle birlikte, 9. yüzyıl ortalarında Koço Uygur Kağanlığı'nın varlığını ilan etmesi ile Uygurlar arasında yayılmaya başladığı söylenir. Tamamen kronolojik ilerlemeler ışığında bu kanıya varılmakta olup, işlek Soğd el yazısının 7. yüzyılda ortaya çıktığı bilinmektedir. Bu nedenle, bu alfabenin 8. yüzyılda Doğu Türkistan'da yaşayan diğer Türklerce kullanılmaya başlandığı, daha sonra 9. yüzyıl ortalarında Türkler tarafından yayılmış olduğu görüşü hakimdir.

15. yüzyıla kadar Turfan ve çevresinde kullanılmış Uygur alfabesi, ondan sonra Arap alfabesine yerini bırakmıştır. 18. yüzyıla kadar Kansu'daki Budist Uygurlar tarafından dini amaçlı toplantı ve törenlerde kullanılmaya devam etmiştir. Dolayısıyla eski Uygur harfleriyle yazılmaya devam ettiği bilinen Uygur alfabesi, Budist kitabeleri Sarı Uygurlar tarafından klasik Uygur dilinde kullanımı sürmüştür. Bu bilgi bize, Uygur yazısının Türkler arasında 1000 yıllık süreyi devirdiği hatta daha fazla bir süre kültür yazısı olarak yaşayan bir varlık olduğunu ispat etmektedir. İslami dönem edebiyatında yazılan eserlerin bazı nüshalarının Uygur alfabesi ile yazıldığı bilinmektedir. Ayrıca 15. yüzyılda Osmanlı sarayında da Uygur alfabesi kullanıldığı bilinir. Uygur harfleri ile yazılan eserlerden biri de Kutadgu Bilig'in üç nüshasından biri olan Viyana nüshasıdır. Uygur yazısına ve Uygurcaya bağlılık hissetmenin esas nedeni din olup; Doğu Türkistan'dan İstanbul'daki Osmanlı sarayına kadar, söz konusu dönem içinde, dokuz yüzyıl boyunca kullanımda kalmıştır.

Uygur dilinin incelenmesi aşamasında ilk yayın olması bakımından ve çok değerli bulguları içeren çalışmalar, Müller tarafından 1908'de yayına hazırlanan "Uigurica"dır. Uigurica I ile bu çalışmalar başlamış ve 1911'de yayımlanan Uigurica II'de Uygurca metinlerin yan tarafında Çinceleri de yer alacak şekilde derlemeler sunulmuştur. Toplam dört yayın içeren bu çalışmaların üçüncüsü 1919'da çıkarılmış, dördüncüsü ise Müller'in ölümünden sonra 1931'de A. V. Gabain tarafından Müller'sin materyalleri üzerinden yayımlanmıştır. Bu yayınlar bazı transkripsiyon hataları içerse de başlangıç döneminin araştırması olduğu için, günümüzde dahi hiçbir bakımdan önemini kaybetmemiş olan çalışmalardır.